Como parte del Simposium Internacional de Medicina Genómica, la Facultad de Medicina de la UNAM, a través de la Unidad de Investigación en Medicina Experimental (UIME), organizó la presentación de los avances del Regeneron Genetics Center (RGC), en la que participaron dos de sus líderes, el doctor Tim Thornton, Senior Director of Statistical Genetics and Machine Learning, y el doctor Jonathan Marchini, Head of Statistical Genetics and Methods.
“Es uno de los centros más importantes en análisis de datos genómicos en el mundo. He tenido el honor de formar parte del Estudio Prospectivo de la Ciudad de México (MCPS, por sus siglas en inglés) desde hace más de tres años, y ha sido con su apoyo que hemos podido aprender y avanzar en el área”, indicó el doctor Jaime Berumen Campos, Jefe de la UIME, al dar la bienvenida en el auditorio “Dr. Fernando Ocaranza”, el pasado 28 de abril.
El estudio MCPS lo iniciaron hace 25 años los doctores Jesús Alegre, Roberto Tapia y Pablo Kuri de la UNAM junto con los profesores Richard Peto y Rory Collins de la Universidad de Oxford.
En su intervención, el doctor Thornton aseguró que “el RGC posee la colección y el catálogo de variación codificante humana más diversos en la actualidad, con más de 2 millones de exomas secuenciados hasta la fecha”.
“Nuestra misión es llevar al siguiente nivel a la genética humana de gran escala, buscando apoyar los objetivos existentes en el área e identificar nuevos. Para ello, hemos realizado proyectos de secuenciación de poblaciones diversas, dentro de los cuales se encuentra la secuenciación de 140 mil individuos de la Ciudad de México que forman parte del estudio MCPS, siendo éste el mayor estudio de secuenciación del exoma completo de una población de ascendencia no europea al momento”, apuntó.
Además del RGC y la UNAM, se contó con la colaboración del Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Oxford Health Population, AstraZeneca y Abbvie. Con este trabajo en conjunto se obtuvo la secuenciación del exoma (1% del genoma, es la parte codificante del genoma) y genotipado en el RGC de los 140 mil participantes residentes de Coyoacán e Iztapalapa (ubicaciones en las que se centró la investigación), y se completó la secuenciación completa del genoma en 10 mil de ellos.
Aseguró que el gran resultado de esta investigación no sólo es el descubrimiento de una gran cantidad de variantes que no habían sido vistas antes, sino los avances que derivarán de ello. “Tendremos nuevas oportunidades terapéuticas y de estrategias en la predicción del riesgo de patologías prevalentes, como la obesidad y la diabetes mellitus”.
Por su parte, el doctor Marchini presentó al biobanco de Reino Unido como una importante base de datos biomédicos y un recurso de investigación a gran escala que contiene información genética y sanitaria detallada de medio millón de participantes británicos.
“La base de datos se enriquece periódicamente, y a partir de datos proporcionados por herramientas de imagen médica y el procesamiento de los fenotipos derivados se ha conseguido mejorar la prevención, el diagnóstico y el tratamiento de enfermedades comunes y potencialmente mortales”, resaltó.
Dentro de los ejemplos en sus avances se citó al fenotipo ECF/cT1 correlacionado con la fibrosis hepática, variantes de CIBED que actúan como protección contra la enfermedad hepática, y el papel de la densidad mamaria en el desarrollo de cáncer de mama.
El simposium fue co-coordinado por la doctora Ingeborg Becker, Coordinadora de Investigación de la UIME, y antes de concluir, el público tuvo la oportunidad de plantear sus preguntas a los ponentes, cuya dinámica fue guiada por la doctora Teresa Villarreal, profesora del INMEGEN.
“Los descubrimientos a los que nuestras investigaciones nos han llevado en los últimos años son el ejemplo de que un trabajo colectivo, donde cada una de las partes comparte un mismo interés y trabaja en conjunto para lograr su meta, puede marcar la diferencia en el nivel de impacto de sus resultados tanto en el área médica como en la ciencia en general“, comentó el doctor Berumen. Por su parte, el doctor Jesús Alegre, profesor de la UIME, indicó que “no es imperativo contar en un inicio con la más alta tecnología, o grandes presupuestos, sólo se necesita un objetivo claro, trabajar en ello y compartir el conocimiento con los interesados, se irán sumando participantes en el camino”.
Cabe señalar que el siguiente mes habrá otros dos Simposios Internacionales en Medicina Genómica, por lo que se invitó a los asistentes a pre-registrarse.
Workshop: Genetic association analysis using Regenie
Por otro lado, el día previo se realizó esta actividad, la cual también fue coordinada por el doctor Berumen y co-coordinada por la doctora Ingeborg Becker; se contó también con la contribución del doctor Thornton, además de aportaciones del doctor Andrey Ziyatdinov, Statistical Genetics del RGC.
Como introducción a los Estudios de Asociación del Genoma Completo (GWAS, por sus siglas en inglés), los participantes conocieron sobre los principios del diseño del estudio, el control de calidad de los datos genéticos, las pruebas estadísticas, la estratificación poblacional, el control de la relación entre muestras, los desafíos computacionales y la interpretación de los resultados. Culminando con una revisión guiada del modelo de regresión del genoma completo implementado en el software Regenie.
El taller se enfocó en los conceptos detrás del análisis de variantes raras en estudios de secuenciación, con un enfoque especial en las pruebas de asociación diseñadas para agregar información sobre múltiples variantes dentro de un gen o región genómica. Tales pruebas incluyen de carga, de componentes de varianza y de combinación de Cauchy.
Los profesores presentaron además qué es la ascendencia local y cómo difiere de la ascendencia global, y la relevancia de la primera en genética poblacional y médica, así como en los escaneos de selección y el mapeo de mezcla.
Ambos eventos representaron una oportunidad para adquirir conocimientos y habilidades especializadas en el análisis de datos genéticos, y se destacaron los avances en genómica a nivel global y lo sorprendente que han sido en los últimos años.
Athziry Portillo
